Молодежный филармонический оркестр Мариинского театра создан в 1999 году по инициативе Валерия Гергиева в целях воспитания нового поколения артистов театра и совершенствования их исполнительского мастерства. С того времени и по сей день оркестр постоянно пополняется молодыми музыкантами. Коллективом руководили такие мастера, как Джанандреа Нозеда, Альгирдас Паулавичюс и сам Валерий Гергиев, обеспечивая преемственность традиций и включая молодых исполнителей в слаженную систему театрального дела. Оркестром также дирижировали Владимир Фельцман, Франсуа Ксавье-Рот, Казухико Коматсу, Дэниэл Смит, молодые дирижеры – ученики Ильи Мусина из России, США, Греции и Китая. Первое самостоятельное выступление оркестра состоялось в 1999 году в рамках фестиваля «Звезды белых ночей», когда при участии оркестра была исполнена опера «Свадьба Фигаро». В том же году прошел первый гастрольный тур Молодежного оркестра по городам Италии. В дальнейшем коллектив выступал в Финляндии, Германии и Японии.
Благодаря открытию Концертного зала Мариинского театра и Мариинского-2 у оркестра появилась возможность чаще представлять публике свои собственные программы.
