Пролог и картина первая
Двор Новодевичьего монастыря под Москвой. Стрельцы и приставы сгоняют народ «просить на царство» Бориса Годунова. Думный дьяк Щелкалов выходит к народу с вестью о том, что Борис отказывается от трона. Пристав оглашает боярский указ: «Завтра быть в Кремле и ждать там приказаний».
Картина вторая
Площадь в Московском кремле. В Успенском соборе венчают Бориса на царство. Под колокольный звон царь Борис предстает перед народом. Его страшит бремя власти.
Картина третья
Келья в Чудовом монастыре. Монах Пимен заканчивает свою летопись Руси. Молодой чернец Григорий Отрепьев просыпается от тревожного сна: уже в третий раз видит чернец, как поднимается он по крутой лестнице, смотрит с высоты на Москву и падает вниз.
Григорий слушает рассказ Пимена о прежней жизни и с особым интересом расспрашивает о смерти царевича Димитрия в Угличе. «Он был бы твой ровесник и царствовал», – говорит Пимен. Эти слова глубоко западают в душу Григория, рождая в нем смелый и дерзкий замысел.
Картина четвертая
Корчма на литовской границе. Сбежавший из монастыря Григорий собирается перейти границу, вместе с ним беглые монахи Мисаил и Варлаам. От хозяйки корчмы Григорий узнаёт, каким путем можно пройти в Литву, минуя заставы.
В корчму приходят приставы с царским указом. Они ищут беглеца, опасного для Московского государства. Прочесть указ может только Григорий. Он читает, что из Чудова монастыря сбежал чернец Григорий Отрепьев и царь велел его изловить. В указе перечисляются приметы Отрепьева. Чтобы не выдать себя, Отрепьев, поглядывая на Варлаама, описывает его приметы вместо своих. Приставы набрасываются на Варлаама. Варлаам выхватывает указ и медленно, по буквам, читает его. Григорий опознан. Он убегает.
Картина пятая
Царский терем в Московском кремле. Федор, сын Бориса, занимается науками, а его сестра Ксения оплакивает умершего жениха. Входит царь. Он старается утешить дочь, интересуется занятиями сына. На душе у него тяжело. Борис знает, что народ ненавидит его и никакими щедротами он не сможет снискать народной любви.
Размышления Бориса прерваны визитом Шуйского. С затаенным злорадством князь сообщает Борису о появлении в Литве Самозванца. Имя царевича Димитрия приводит Бориса в волнение.
Борис приказывает Шуйскому укрепить литовскую границу. Он просит князя подтвердить смерть царевича. Шуйский рассказывает подробности убийства. Потрясенный, охваченный ужасом, Борис гонит Шуйского прочь. Когда царь остается наедине со своей совестью, ему чудится призрак убитого ребенка.
Картина шестая
Площадь перед собором Василия Блаженного. Бедные и голодные люди, собравшиеся на площади, ждут окончания службы. В соборе предают анафеме Гришку Отрепьева. Из уст в уста передается слух о приближении войск Самозванца к Москве.
Мальчишки у собора отнимают у Юродивого копеечку. Он плачет. Из собора выходит царь в окружении бояр. Народ просит у него хлеба. Царь спрашивает Юродивого, отчего тот плачет. «Мальчишки отняли копеечку, вели-ка их зарезать, как ты зарезал маленького царевича», – отвечает Юродивый. Борис просит Юродивого помолиться за него. «Нельзя молиться за царя Ирода…» – слышит он в ответ.
Картина седьмая
Грановитая палата в Московском кремле. На заседании Боярской думы решается участь Самозванца. Бояре недовольны отсутствием Шуйского в думе. Наконец князь приходит. Его рассказ о болезненных видениях Бориса вызывает недоверие. Но в это время с возгласом «Чур, чур, дитя!» появляется Борис. Он обращается к боярам. Шуйский прерывает его – предложением выслушать старца, который желает поведать тайну. Входит Пимен. Он рассказывает царю, что в Угличе произошло чудо: слепой прозрел на могилке царевича. Этого удара Борис не выдерживает. Чувствуя близкую смерть, он зовет сына…
Под погребальный звон, указывая на Федора, умирающий Борис говорит: «Вот царь ваш…»