Мартин Зандер родился в Берлине в 1963 году. Окончил Высшую школу музыки и театра в Ганновере по классам Ульриха Бремштеллера (орган) и Геррита Циттербарта (фортепиано), совершенствовался на мастер-классах Харальда Фогеля, Луиджи Фердинандо Тальявини, Флора Петерса, Даниэля Рота и других выдающихся органистов. Обладатель премии Феликса Мендельсона (1986), лауреат международных конкурсов имени Брукнера в Линце (1986), ARD в Мюнхене (1987), имени Баха в Лейпциге (1988), конкурса в Мусасино-Токио (1988), конкурса «Пражская весна» (1989).
Выступает по всему миру как солист и с различными оркестрами, среди которых Берлинский симфонический оркестр, Баховская коллегия Штутгарта, оркестр Генделевского фестиваля в Халле, Филармонический оркестр Радио Ганновера, Бохумский симфонический оркестр и другие. Сольные концерты Зандера проходили в кафедральных соборах Пассау, Мюнхена, Вены, Хельсинки и Тронхейма, в Берлинской филармонии, Гевандхаусе в Лейпциге, Геркулес-зале в Мюнхене, Мейстерзингер-зале в Нюрнберге, Брукнерхаусе в Линце, зале Дворжака в Праге, Сантори-холле в Токио, Идзуми-холле в Осаке, Центре искусств Айти в Нагое, зале имени Чайковского в Москве, Санкт-Петербургской филармонии и Капелле, Муниципальном театре Сан-Паулу и в других крупных концертных залах. Участник органных фестивалей, среди которых Баховский фестиваль в Штутгарте, «Международная органная неделя» в Нюрнберге, Гёттингенский фестиваль Генделя, «Баховские дни» в Оденсе, «Пражская весна» и другие. Осуществил множество записей на радио и телевидении в Германии и за ее пределами, записал несколько компакт-дисков с репертуаром от северонемецкого барокко до XX века.
Член жюри конкурса «Пражская весна», конкурсов имени Чюрлёниса в Вильнюсе, имени Баха в Висбадене, имени Букстехуде в Любеке, имени Гельмута Борнефельда в Хайденхайме, конкурсов в Риме, Казани и Гейдельберге. Проводит органные мастер-классы в Германии, России, различных странах Европы, Азии, Северной и Южной Америки. В 1999–2012 – профессор органного класса в Высшей школе церковной музыки в Гейдельберге, в 2011–2021 – в Высшей школе музыки в Детмольде, с 2021-го – в Высшей школе музыки и театра в Мюнхене. С 2008 года также преподает в Высшей школе музыки в Базеле.
Информация на сентябрь 2021 года