Ксения Исаева в 1995 году окончила Санкт-Петербургскую государственную консерваторию им. Н. А. Римского-Корсакова (класс специального фортепиано – профессора Олега Малова, концертмейстерского мастерства – доцента Софьи Вакман, камерного ансамбля – профессора Ирины Шараповой). В годы учебы работала концертмейстером на кафедре сольного пения консерватории – в классах Татьяны Лавровой и Евгении Гороховской, а также на кафедре деревянных духовых инструментов – в классе Николая Неретина.
В 1999 году была приглашена Ларисой Гергиевой на работу в только открывшуюся Академию молодых оперных певцов Мариинского театра. В качестве концертмейстера-репетитора и континуиста участвовала в одном из первых крупных проектов академии – концертном исполнении оперы Россини «Путешествие в Реймс» на фестивале в Миккели (Финляндия). Впоследствии готовила с солистами постановку этой оперы в Мариинском театре (2005).
Работала также над постановками опер «Ариадна на Наксосе» (2004), «Волшебная флейта» (2007), «Майская ночь» (2009), «Русалка» Дворжака (2009), «Дон Кихот» (2012), «Севильский цирюльник» (2014), «Евгений Онегин» (2014), «Золотой петушок» (2014), «Травиата» (2015), «Гензель и Гретель» (2015), «Идиот» Вайнберга (2016), «Необитаемый остров» Гайдна (2018). Готовила к исполнению оперы «Анна Болейн», «Лукреция Борджа», «Фаворитка» Доницетти, «Сорока-воровка» Россини, «Капулетти и Монтекки» Беллини, «Вертер», «Золушка» Массне, «Поздравляем!» Вайнберга, «Овод» Спадавеккиа, «Орестея» Танеева.
С солистами академии гастролировала в городах России и за рубежом. В сотрудничестве с солистами оперы Еленой Цветковой, Анастасией Калагиной и Даниилом Штодой подготовила и исполнила несколько концертных программ, которые прозвучали в Малом зале Санкт-Петербургской филармонии, Концертном зале Мариинского театра, в Центре Павла Слободкина и др.
Участница мастер-классов Пласидо Доминго, Ренаты Скотто, Марии Клевы, Тома Краузе, Елены Образцовой, Владимира Атлантова, Мати Пальма, Маквалы Касрашвили, Виктора Черноморцева, Гегама Григоряна, Грайра Ханеданьяна.
Обладательница дипломов «Лучший концертмейстер» на Международном конкурсе оперных певцов им. Антонина Дворжака (Карловы Вары, 2000), Международном конкурсе оперных певцов им. Н. А. Римского-Корсакова (Санкт-Петербург, 2000), Международном конкурсе молодых оперных певцов Елены Образцовой (Санкт-Петербург, 1999 и 2001), Всероссийском конкурсе оперных певцов им. Надежды Обуховой (Липецк, 2009).
В 2019 году приняла участие в серии концертов академии, посвященных юбилею Римского-Корсакова, где прозвучали все романсы композитора.
В сезоне 2019–2020 годов участвовала в концертах, посвященных юбилею Эдуарда Направника, и в серии лекций-концертов «Легендарные солисты Мариинского театра».